L’assemblea costitutiva dei soci ebbe luogo a Parenzo il 24 luglio 1884 e Parenzo fu sede del sodalizio fino al 1927, quando cedette il posto a Pola, divenuta intanto centro politico – amministrativo dell’Istria. Dopo gli esiti della seconda guerra mondiale, che portarono alla dispersione della popolazione italiana dell’Istria, la società subì i contraccolpi dell’esodo, trovando prima sedi provvisorie a Venezia e infine, dal 1970, stabile dimora presso l’Archivio di stato di Trieste. Solo ultimamente essa ha acquisito anche una sede distaccata in via Crispi 5 – sempre a Trieste – grazie al lascito Curri. Fra i suoi presidenti vanno annoverati Andrea Amoroso, Carlo de Franceschi, Bernardo Benussi, Francesco Salata, Camillo de Francschi, Attilio Degrassi, Mario Mirabella Roberti, Ruggero Fauro Rossi, Maria Lauro Iona e, dal 2010, Giuseppe Cuscito.

Durante un arco di vita più che centenario la società istriana ha svolto un’alacre attività nel campo delle indagini archivistiche, delle raccolte epigrafiche e degli scavi archeologici, seguendo i metodi della scuola critica positivistica di investigazione filologica. Ma la sua opera maggiore più proficua è la pubblicazione del bollettino sociale, gli “Atti e Memorie della società istriana di Archeologia e storia Patria”, la cui serie, interrotta soltanto durante gli anni delle due guerre mondiali, conta oggi 110 volumi: una mole imponente di materiali documentari, di monografie e memorie erudite, di discussioni e di interpretazioni critiche a cui hanno collaborato istriani e triestini, unitamente ad altri autori italiani e stranieri, alcuni anche di larga fama.